biotite.structure.io.pdbx.get_component

biotite.structure.io.pdbx.get_component(pdbx_file, data_block=None, use_ideal_coord=True)[source]

Create an AtomArray for a chemical component from the chem_comp_atom and, if available, the chem_comp_bond category in a PDBxFile.

Parameters
data_blockstr, optional

The name of the data block. Default is the first (and most times only) data block of the file.

use_ideal_coordbool, optional

If true, the ideal coordinates are read from the file (pdbx_model_Cartn_<dim>_ideal fields), typically originating from computations. If set to false, alternative coordinates are read (model_Cartn_<dim>_ fields).

Returns
arrayAtomArray

The parsed chemical component.

Examples

>>> import os.path
>>> file = PDBxFile.read(
...     os.path.join(path_to_structures, "molecules", "TYR.cif")
... )
>>> comp = get_component(file)
>>> print(comp)
HET         0  TYR N      N         1.320    0.952    1.428
HET         0  TYR CA     C        -0.018    0.429    1.734
HET         0  TYR C      C        -0.103    0.094    3.201
HET         0  TYR O      O         0.886   -0.254    3.799
HET         0  TYR CB     C        -0.274   -0.831    0.907
HET         0  TYR CG     C        -0.189   -0.496   -0.559
HET         0  TYR CD1    C         1.022   -0.589   -1.219
HET         0  TYR CD2    C        -1.324   -0.102   -1.244
HET         0  TYR CE1    C         1.103   -0.282   -2.563
HET         0  TYR CE2    C        -1.247    0.210   -2.587
HET         0  TYR CZ     C        -0.032    0.118   -3.252
HET         0  TYR OH     O         0.044    0.420   -4.574
HET         0  TYR OXT    O        -1.279    0.184    3.842
HET         0  TYR H      H         1.977    0.225    1.669
HET         0  TYR H2     H         1.365    1.063    0.426
HET         0  TYR HA     H        -0.767    1.183    1.489
HET         0  TYR HB2    H         0.473   -1.585    1.152
HET         0  TYR HB3    H        -1.268   -1.219    1.134
HET         0  TYR HD1    H         1.905   -0.902   -0.683
HET         0  TYR HD2    H        -2.269   -0.031   -0.727
HET         0  TYR HE1    H         2.049   -0.354   -3.078
HET         0  TYR HE2    H        -2.132    0.523   -3.121
HET         0  TYR HH     H        -0.123   -0.399   -5.059
HET         0  TYR HXT    H        -1.333   -0.030    4.784