biotite.structure.get_molecule_indices

biotite.structure.get_molecule_indices(array)

Get an index array for each molecule in the given structure.

A molecule is defined as a group of atoms that are directly or indirectly connected via covalent bonds. In this function a single atom, that has no connection to any other atom (e.g. an ion), also qualifies as a molecule.

Parameters

arrayAtomArray or AtomArrayStack or BondList

The input structure with an associated BondList. Alternatively, the BondList can be directly supplied.

Returns

indiceslist of ndarray, dtype=int

Each element in the list is an index array referring to the atoms of a single molecule. Consequently, the length of this list is equal to the number of molecules in the input array.

See also

get_molecule_masks

molecule_iter

Examples

Get an AtomArray for ATP and show that it is a single molecule:

>>> atp = residue("ATP")
>>> indices = get_molecule_indices(atp)
>>> print(len(indices))
1

Separate ATP into two molecules by breaking the glycosidic bond to the triphosphate:

>>> i, j = np.where(np.isin(atp.atom_name, ("O5'", "PA")))[0]
>>> atp.bonds.remove_bond(i, j)
>>> indices = get_molecule_indices(atp)
>>> print(len(indices))
2
>>> print(atp[indices[0]])
HET         0  ATP PG     P         1.200   -0.230   -6.850
HET         0  ATP O1G    O         1.740    1.140   -6.670
HET         0  ATP O2G    O         2.120   -1.040   -7.890
HET         0  ATP O3G    O        -0.300   -0.140   -7.420
HET         0  ATP PB     P         0.260   -0.130   -4.450
HET         0  ATP O1B    O         0.810    1.230   -4.300
HET         0  ATP O2B    O        -1.230   -0.040   -5.060
HET         0  ATP O3B    O         1.190   -0.990   -5.430
HET         0  ATP PA     P        -0.740    0.070   -2.070
HET         0  ATP O1A    O        -2.100    0.140   -2.670
HET         0  ATP O2A    O        -0.120    1.550   -1.960
HET         0  ATP O3A    O         0.200   -0.840   -3.000
HET         0  ATP HOG2   H         2.100   -0.550   -8.730
HET         0  ATP HOG3   H        -0.620   -1.050   -7.520
HET         0  ATP HOB2   H        -1.550   -0.950   -5.130
HET         0  ATP HOA2   H         0.750    1.460   -1.560
>>> print(atp[indices[1]])
HET         0  ATP O5'    O        -0.840   -0.590   -0.600
HET         0  ATP C5'    C        -1.690    0.260    0.170
HET         0  ATP C4'    C        -1.830   -0.310    1.580
HET         0  ATP O4'    O        -0.540   -0.360    2.230
HET         0  ATP C3'    C        -2.680    0.630    2.460
HET         0  ATP O3'    O        -4.030    0.160    2.530
HET         0  ATP C2'    C        -2.010    0.560    3.860
HET         0  ATP O2'    O        -2.930    0.040    4.830
HET         0  ATP C1'    C        -0.830   -0.420    3.650
HET         0  ATP N9     N         0.330    0.020    4.430
HET         0  ATP C8     C         1.300    0.880    4.010
HET         0  ATP N7     N         2.180    1.040    4.960
HET         0  ATP C5     C         1.830    0.300    6.030
HET         0  ATP C6     C         2.390    0.080    7.300
HET         0  ATP N6     N         3.560    0.710    7.680
HET         0  ATP N1     N         1.760   -0.750    8.140
HET         0  ATP C2     C         0.640   -1.350    7.780
HET         0  ATP N3     N         0.090   -1.180    6.600
HET         0  ATP C4     C         0.640   -0.370    5.700
HET         0  ATP H5'1   H        -2.680    0.310   -0.300
HET         0  ATP H5'2   H        -1.260    1.260    0.220
HET         0  ATP H4'    H        -2.280   -1.300    1.550
HET         0  ATP H3'    H        -2.650    1.650    2.080
HET         0  ATP HO3'   H        -4.520    0.790    3.090
HET         0  ATP H2'    H        -1.650    1.540    4.160
HET         0  ATP HO2'   H        -3.670    0.660    4.870
HET         0  ATP H1'    H        -1.120   -1.430    3.930
HET         0  ATP H8     H         1.330    1.360    3.040
HET         0  ATP HN61   H         3.940    0.550    8.560
HET         0  ATP HN62   H         4.020    1.300    7.060
HET         0  ATP H2     H         0.170   -2.010    8.490